Основу структурной организации Университета составляют кафедры и ресурсно-информационный центр. Основные направления деятельности кафедр: учебная, научная, участие в международных проектах, экспертная и консалтинговая.

Материально-техническая база КМУ «ВШОЗ» за последние годы значительно расширилась — Университет уже имеет 22 учебных класса и аудиторий, что позволяет одновременно обучать до 400 человек, локальную сеть с двумя компьютерными классами, оснащенными 30 компьютерами, 127 компьютерами на кафедрах и подразделениях, и высокоскоростным выходом в Интернет. Учебно-информационный центр имеет копировально-множительное подразделение, позволяющее выпускать учебно-методические материалы, сборники и специализированный Центрально-азиатский журнал по общественному здравоохранению. Вспомогательное учебное оборудование и новейшие технологии, как проектор LCD, веб- и видеокамеры, аудио-визуальная техника помогают в процессе подготовки необходимых учебных материалов и проведении учебных занятий. Кроме доступа к Интернет ресурсам, преподаватели и слушатели КМУ «ВШОЗ», имеют библиотеку с современной учебной, учебно-методической, научной литературой и электронной базой данных, на казахском, русском, английском языках, что способствует эффективной подготовке к занятиям.

В перспективе, Университет будет продолжать выполнять основную функцию в качестве образовательного центра, и одновременно будет усиливать научно-исследовательскую работу. Также, КМУ «ВШОЗ» видит расширение своей деятельности (обучение и переподготовка) посредством применения дистанционных технологий и уже внедрил экспериментальные курсы дистанционного обучения. В ближайшем будущем, Университет будет более активно сотрудничать с регионами Казахстана и Центральной Азии, так как сектор здравоохранения в Центральной Азии, является очень динамичной средой и встает острая необходимость создания в этих странах самодостаточных источников образования, которые могли бы взять на себя ответственность по подготовке профессионалов нового типа и удовлетворение спроса на подобное обучение.